传统 DNA 构建工作流中,合成、组装、纠错往往独立优化。化学亚磷酰胺合成、微阵列寡核苷酸芯片会引入碱基替换、插入、缺失等错误;而普通 HPLC、PAGE 纯化仅能够去除长度异常的截断产物,无法区分全长但序列出错的 DNA 分子。
这些序列缺陷不会被纯化消除,会在层级组装、PCR 扩增、克隆过程中不断传递、累积。错误越往后越难清除,最终只能依靠大量克隆筛选与终点测序来兜底,大幅拉高时间与实验成本,限制几十 kb 级别通路 DNA 的构建通量与保真度。
当前自动化平台大多局限于前端寡核苷酸合成,或是后端大片段拼接,并没有打通从合成到纠错的完整链路。简单把各个模块串联,并不能真正实现高保真自动化构建,需要充分理解各步骤之间的内在耦合关系,将错误控制作为贯穿全流程的核心设计变量,而非事后补救工序。
文章系统对比了各类 DNA 纠错策略:杂交富集、测序引导回收、酶促错配切割(EMC)、MutS 蛋白介导错配去除等技术的优劣势与适用场景。
Fig. 2. MutS 蛋白介导错配去除纠错策略示意图
MutS 蛋白介导错配去除技术:MutS 识别复性后异源双链上的错配、小插入缺失环,通过磁珠、树脂等固相载体把携带错误的 DNA 分子直接分离去除,保留无错同源双链 DNA。相比切割类方案,MutS 体系酶促步骤更少,更适配并行处理、自动化流水线,适合嵌入合成‑组装中间环节作为在线质控过滤器。
综述也客观指出 MutS 现存挑战:纠错过程会伴随部分正确 DNA 损失;对于不同错配类型识别效率不均一。未来需要通过蛋白工程、微流控体系进一步提升 “纠错效率‑产物回收率” 的综合平衡,才能大规模落地一体化流程。
传统化学 DNA 合成依赖有机试剂,合成后需要脱保护、换液、纯化,与后续水相酶促组装、MutS 纠错反应体系兼容性差,造成流程上的割裂。
新兴酶促 DNA 合成(EDS)在水相环境下完成寡核苷酸的从头合成,反应条件与下游组装、错配识别的酶学体系天然兼容。文章强调,酶促合成的价值并不仅仅在于替代化学合成生产寡核苷酸;更重要的是它提供了生化连续性,有望打破各环节之间的壁垒,构建一套连续的、具备错误感知能力的端到端流水线。
作者提出完整的构想流水线:
这套流程不再是简单线性执行,而是设置多个决策节点:依据中间产物质量,动态选择额外纠错、重新拆分序列或者调整组装策略,把质量管控前置,实现从 “步步检测” 走向 “构建‑终端验证” 新模式。
Fig. 5. 设想的高保真 DNA 构建端到端一体化流水线
DNA 构件完成组装纠错之后,传统手段需要大量挑取克隆,逐个测序验证序列正确性,耗时耗力。即便序列完全正确,也依然需要评估细胞内实际代谢功能是否符合预期。
综述特别指出,单细胞拉曼表型识别与功能细胞筛选技术,是闭环体系中极具价值的终端筛选手段。
单细胞拉曼光谱(SCRS)无需荧光标记、无损伤,直接读取单细胞分子指纹,反映细胞真实代谢表型。不需要破坏细胞核酸,筛选出目标功能单细胞之后,可以对接长读长测序,直接建立 “代谢表型‑DNA 序列” 关联,快速从海量转化子中锁定功能合格的细胞,从而规避每一步都做高通量测序带来的成本与延迟,实现 “构建‑筛选‑学习”DBTL 闭环的高效迭代。
星赛生物的拉曼组仪器系列,如高通量拉曼流式细胞分选仪 FlowRACS、拉曼微流细胞分选仪 RAMS、单细胞拉曼光镊分选仪 RACS‑Seq 等,可实现单细胞无损检测、功能靶向分选,并可衔接下游培养与测序,为合成生物学 DBTL 循环提供表型层面的高通量筛选工具支撑。
在本综述设想的技术蓝图中,单细胞拉曼筛选可以作为质量验证环节,把筛选得到的表型数据反馈上游序列设计模块,形成完整的工程化闭环。
文章提出未来 5 年领域分阶段发展路线。同时,领域也面临明确技术攻坚目标:酶促合成需要进一步提升单步偶联效率;MutS 体系要平衡纠错能力与产物回收率;质控策略上,把测序尽量后置到最终产物,中间步骤依靠过程指标预判质量,搭配单细胞功能筛选手段,降低全流程成本。
星赛生物持续深耕拉曼组学与单细胞拉曼分析‑分选装备研发,面向合成生物学 DBTL 闭环、长片段 DNA 高保真构建等科研场景,可为高校、科研院所及生物制造研发机构提供标准化仪器平台、数据分析方案与全套单细胞实验技术支撑,助力实现 DNA 序列与单细胞代谢表型的关联解析,支撑人工基因通路构件的高通量筛选迭代。
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